Verso la fine del XII secolo, con il rafforzarsi delle classi produttrici si sviluppano i liberi comuni. Si costituisce la Comunità Generale della Valsassina, a cui Esino appartiene. Essa detta i suoi statuti, derivandoli dalle antiche consuetudini.

Ogni villaggio viene amministrato dalla propria Vicinanza, formata dai capi-famiglia: ad Esino vi appartengono sovente anche delle donne. Un rappresentante unico dei due Comuni, inferiore e superiore, fa poi parte del Consiglio della Comunità Generale che aveva sede in Introbio. Ivi, nel palazzo del pretorio, veniva amministrata la giustizia civile criminale, inizialmente dai Consoli, più tardi da un podestà.

Dopo la distruzione di Milano ad opera del Barbarossa, l'isola Comacina, a lei fedele, viene rasa al suolo dai comaschi: gli abitanti si rifugiano a Varenna e nella valle di Esino. Battuto l'Imperatore a Legnano, dopo non molti anni Federico II cerca la rivalsa e, a sua volta, sconfigge i milanesi nella battaglia di Cortenuova. Corse in loro aiuto Pagano della Torre, che li ripara nei propri possedimenti nelle montagne della Valsassina.

Per riconoscenza, Pagano viene in seguito eletto Capitano del popolo di Milano e comincia così l'ascesa della sua famiglia, guelfa, che incontra la violenta opposizione dei Visconti ghibellini. La lotta di parte sconvolge per un secolo l'intero territorio e dà luogo a violente faide. I Della Torre, a cui il Lario orientale è alleato, vengono alla fine sopraffatti con il tradimento, e si instaura la Signoria Viscontea.

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